無霜式擬南芥培養箱在移栽后需要經過一定時間的緩苗期才能轉入正常生長，此過程使擬南芥成活率降低并且發育延遲，在培養土中扎根淺，導致其長勢差；另外，移栽法種植擬南芥操作費工，對實驗技術有一定要求，必須在前期培養基培養階段*避免污染。蛭石培養法培養擬南芥因蛭石不含養分，必須在擬南芥全生育期內人工提供養分；蛭石本身質地疏松，但澆水后卻變黏重，通透性變差，易生真菌和藻類，造成爛根和根系活力降低，因此此法培養的擬南芥仍然成活率不高，苗弱，影響到了后期的開花結果。蛭石和營養土混合培養法是目前國內許多實驗室使用的方法。